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L'algorithme de Smith-Waterman est un algorithme d'alignement de séquences utilisé notamment en bioinformatique. Il a été inventé par Temple F. Smith (en) et Michael S. Waterman en 1981[1].
L'algorithme de Smith-Waterman est un algorithme optimal qui donne un alignement correspondant au meilleur score possible de correspondance entre les acides aminés ou les nucléotides des deux séquences. Le calcul de ce score repose sur l'utilisation de matrices de similarité ou matrices de substitution.
L'algorithme est par exemple utilisé pour aligner des séquences de nucléotides ou de protéines, notamment pour la prédiction de gènes, la phylogénie ou la prédiction de fonction.
- ↑ (en) Temple F. Smith et Michael S. Waterman, « Identification of Common Molecular Subsequences », Journal of Molecular Biology, vol. 147, , p. 195–197 (PMID 7265238, DOI 10.1016/0022-2836(81)90087-5, lire en ligne).