La chambre des comptes de Pau est une institution financière créée en 1527 par le roi de Navarre Henri II, de la maison d'Albret, aussi possesseur de plusieurs fiefs du royaume de France, notamment le Béarn. À cette date, il ne règne plus que sur la Basse-Navarre, la plus grande partie de son royaume, notamment la capitale, Pampelune, ayant été conquise et annexée par Ferdinand d'Aragon en 1512. Vers la même époque, il crée la chambre des comptes de Nérac.
Ces deux chambres sont réunies en 1624, recevant le nom de chambre des comptes de Navarre, qu'il ne faut pas confondre avec l'institution navarraise (siégeant à Pampelune) portant ce nom. En 1691, Louis XIV intègre la chambre des comptes de Navarre au Parlement de Navarre (siègeant à Pau).