Le chromosome Y est l'un des deux chromosomes sexuels (ou gonosomes) d'un mammifère, l'autre étant le chromosome X. Il fait partie du système XY de détermination sexuelle, l'un des deux systèmes de déterminisme sexuel lié à des chromosomes sexuels, l'autre étant le système ZW de détermination sexuelle (rencontré notamment chez les oiseaux). Il contient des gènes qui provoquent le développement des testicules, déterminant le phénotype masculin.
Chez l'être humain, les chromosomes sexuels constituent l'une des 23 paires de chromosomes[1]. Le chromosome Y comprend environ 57 millions de paires de bases azotées[2] et représente de 0,5 à 1 % de l'ADN des cellules. Il peut être utilisé pour tracer la lignée parentale. Contrairement à ce que laisse imaginer son nom, il a la même forme que les autres chromosomes (forme de X ou de H selon les interprétations). Il a été nommé Y simplement pour suivre X dans l'alphabet[3],[4] (c'est un hasard si sa forme peut faire penser à un Y[5]).