Le mot cil désigne le plus souvent des poils qui poussent sur le bord libre des paupières des êtres humains et qui limitent l'accès de la transpiration et des corps étrangers comme les poussières à l'œil. Ces phanères de structure filiforme renforcent l'étanchéité des paupières lors de leur occlusion.
Dans le corps humain, des cils dits motiles (portés par des cellules multiciliées) existent sur :
l'épendyme (ils tapissent les ventricules cérébraux) et mettent en mouvement le liquide cérébro-spinal ;
dans la trachée et les bronches où ils jouent un rôle crucial en captant une grande partie des poussières ou particules inhalées. Ces dernières sont ensuite évacuées vers la gorge ou le nez via l'expectoration et expulsées (par éternuement, mouchage, crachat...), ou le plus souvent inconsciemment avalés et prises en charge par le système digestif ;
l'épididyme. Ces cils, dits stéréocils, sont immobiles et beaucoup plus longs que ceux du système respiratoire, et jouent un rôle important dans le transport et la maturation des spermatozoïdes.