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La combe d'Ain est une partie du Jura central constituée par une dépression sédimentaire glaciaire et lacustre que traverse l'Ain de Crotenay (au-delà de Champagnole) jusqu'à Largillay-Marsonnay (rive droite de l'Ain) / Barésia-sur-l'Ain et Thoiria (rive gauche), au nord de Moirans-en-Montagne et du barrage de Vouglans.
Orientée du nord au sud comme le Massif jurassien, la combe d'Ain occupe un territoire assez limité et étroit (25/30 km de long sur 4/6 km de large) qui a été occupé dès la préhistoire au néolithique et utilisé comme lieu de passage et d'implantation tout au long de l'Histoire.