Les cyanotoxines sont des métabolites secondaires synthétisés par les cyanobactéries.
Elles peuvent être classées selon leur structure chimique en trois classes : peptides cycliques, alcaloïdes et lipopolysaccharides, ces dernières étant communes non seulement à toutes les cyanobactéries mais aussi aux bactéries gram négatives en général. On y trouve aussi des acides aminés non protéinogènes isolés comme la β-N-Méthylamino-L-alanine.
Il est aussi possible de les différencier selon leurs mécanismes de toxicité : hépatotoxines, neurotoxines et dermatotoxines (en)[1].