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Ne pas confondre avec Kodok, une bourgade sud-soudanaise dénommée Fachoda à la fin du XIXe siècle et théâtre en 1898 de la crise de Fachoda. Les deux lieux sont séparés par une quinzaine de kilomètres.
Fachoda (ou Pachodo en langue Shilluk) est un village africain situé dans le nord-est de la république du Soudan du Sud sur la rive occidentale du Nil Blanc. Constitué par quelques huttes en terre sèche, ce lieu est la capitale spirituelle du peuple Shilluk et l'endroit où se tient depuis le début du XVIIIe siècle l'intronisation des souverains du Shillukland, un royaume fondé au XVIe siècle par le roi Nyikang et indépendant jusqu'à ce que le vice-roi d’ÉgypteMéhémet-Ali entreprenne en 1820 de conquérir le Soudan.
En 1867, les troupes égyptiennes arrivent pour la première fois sur le site de l'actuelle Kodok, situé à une quinzaine de kilomètres en aval, et baptisent l'endroit sous le toponyme de Fachoda, nom abandonné par les colonisateurs britanniques après 1905.
En 1898, le commandant Marchand se lance dans une expédition périlleuse en direction du Haut Nil. Il occupe au nom de la France la petite bourgade de Fachoda qu'il rebaptise fort Saint-Louis. À cette époque, le Haut Soudan est sous la juridiction de l'Égypte et donc sous protectorat britannique. Les Anglais n'acceptent pas cette intrusion française et c'est la crise de Fachoda. En définitive, le gouvernement de la IIIe République française cède aux injonctions britanniques, ce qui est vécu en France comme une profonde humiliation.