La famille Michelotti est connue dès 1125 à Pérouse. On trouve trace du mariage de Monalduccia Baglioni avec Vérogino Michelotti vers 1150 à Pérouse[1].
Le premier connu de la généalogie de la famille Michelotti est Perone Michelozzo-Michelotti, comte di Civitella (1200). Il a trois fils : Michelotto, Ranier, Ciccolino, nés entre 1235 et 1240.
Michelotto a quatre fils : Martinello, Perone, Giovanello, Baldino ou Balduccio da castel Nuovo.
Lors des affrontements entre les Guelfes et les Gibelins, ils sont représentés par les Oddi Baglioni pour les Guelfes et par les Condottieri de Michelozzo Michelotti, vers 1360 avec ses fils Sighinolfo vers 1355, Ceccolino 1353, Biordo 1352-1398, Egano.
Biordo, Condottieri, devenu seigneur de Pérouse (1384), capitaine général de la commune de Florence, est assassiné en 1398 par Don Guidalotti.
À la mort du chef de famille, ses fils Pandolfo vers 1389 et Ludovico vers 1418, aidés de leurs oncles et cousins Nicolo 1375, Michelozzo 1380 reprennent la tête des Gibelins et rencontrent le Pape Clément VI et Louis Ier de Naples duc d'Anjou en vue de placer la commune sous l'autorité pontificale (1384). Entretemps, Pandolfo Baglioni épouse Bianca Michelotti, et avec lui une partie des Baglioni passe sous la coupe des Michelotti.
La pacification entre les deux partis est sacrifiée en proclamant seigneur de la ville Jean-Galéas Visconti, duc de Milan. À ce prix, les Gibelins conservent l'autorité. À la mort de Jean-Galéas Visconti, Catherine Visconti s'empresse de faire la paix avec le pape Boniface IX, auquel elle restitue Pérouse en 1418. La famille Michelotti est bannie de Pérouse et ses biens confisqués. La sœur de Michelozzo, Antonia (+ 07/04/1474), est la première dame de la duchesse Bianca Maria Visconti épouse de François Sforza, duc de Milan.
Une branche des Michelotti s'exile dans le comté niçois ; on retrouve un Melchior Michelotti à Saint-André-de-la-Roche, fils de Claudio et petit-fils de Guillaume, qui épouse la fille de Jean III Chabaud en 1555. La fille de Melchior, Camilla, épouse en 1606 Pierre Thaon, médecin du duc de Savoie, ce qui donne naissance à la branche des Thaon de Revel aujourd'hui à Turin. Une seconde branche s'installe en Toscane a Pontremoli une troisième branche doit changer de nom en raison des recherches engagées contre la famille, se faisant appeler Micotti.
Les Micotti forment une des deux branches de Toscane (Micotti avec Piétro da San Romano di Garfagnana en 1440) et se rangent sous la protection du duc d'Este en occupant des fonctions importantes pour la famille d'Este. La famille s'implante à Camporgiano, Castelnuovo di Garfagnana, Lucques, Vicenza et Bassano.