Le nom hippocampe dérive du latin hippocampus, lui-même transcrit du grec ancien ἱππόκαμπος / ippókampos, monstre, cheval ou poisson marin, construit sur ἵππος (« cheval ») et κάμπος (« sorte de poisson »). L'adjectif hippocampique signifie « de l'hippocampe ».