SAM (format de fichier)

Le format de cartographie d'alignement de séquence, en anglais sequence alignment map (SAM) est un format texte permettant de stocker des séquences biologiques alignées sur une séquence de référence développé par Heng Li et Bob Handsaker et al^[1]. Il est largement utilisé pour stocker des données telles que séquences de nucléotides générées par les technologies de séquençage de nouvelle génération. Le format prend en charge les lectures (en anglais reads) courts et longs (jusqu'à 128 Mbit/s) produit(e)s par différentes plates-formes de séquençage et est utilisé pour conserver des données alignées dans le cadre du Genome Analysis Toolkit (GATK) et au sein du Broad Institute, Wellcome Sanger Institute et du projet 1000 Genomes. Ce format peut contenir des qualités d'appel de base ou base-calling, d'alignement et d'autres données^[2],[3].