Ocarina of Time raconte l'histoire de Link, un jeune garçon vivant dans un village perdu dans la forêt, qui parcourt le royaume d'Hyrule pour empêcher Ganondorf d'obtenir la Triforce, une relique sacrée partagée en trois : le courage (Link), la sagesse (Zelda) et la force (Ganondorf). La Triforce, une fois rassemblée, donne à son détenteur des pouvoirs surhumains. Le principal antagoniste du jeu, Ganondorf, la désire pour pouvoir régner sur le monde. Par conséquent, Link devra voyager dans le temps grâce à son ocarina et retrouver les sept sages qui lui permettront d'enfermer Ganondorf dans un sceau dimensionnel.
Initialement prévu pour une sortie en 1997 sur le périphérique Nintendo 64DD, le jeu est finalement publié un an plus tard sur une cartouche de 256 mégabits (la plus grande jamais produite à l'époque), pour éviter les temps de latences dues au chargement des données des disques magnétiques utilisés par ce périphérique. Il est développé parallèlement à Super Mario 64 dont il reprend des idées abandonnées, comme la possibilité de monter à cheval. Le concept de base d'Ocarina of Time est de réaliser un Zelda avec des « éléments de cape et d'épée de style chanbara », un genre cinématographique japonais de bataille de sabre. Pour réaliser les combats à l'épée en 3D en vue à la troisième personne, le système de visée Z, qui permet de verrouiller une cible et de centrer la caméra sur elle, est inventé. Ce système deviendra la norme pour les jeux d'action en 3D. Le développement mobilise 120 personnes, dont 50 constituent l'équipe principale de développement, et est supervisé par Shigeru Miyamoto, qui est d'abord simplement producteur avant de s'impliquer plus dans le développement quand le projet prend du retard.
Il connaît un succès critique et commercial phénoménal. Au niveau des ventes, il est le jeu le plus vendu en 1998 avec 2,5 millions de copies vendues en 39 jours seulement et est cité dans le Livre Guinness des records comme le jeu vidéo s'étant le plus vendu dans un court laps de temps (six millions d'exemplaires dans le monde en huit semaines, dont 80 000 le premier jour). Au total, 7,6 millions de copies du jeu trouvent preneur. Au niveau critique, il reçoit la note maximale dans de nombreux magazines, notamment des journaux de référence comme Famitsu ou Edge, et est souvent décrit comme le « meilleur jeu de tous les temps ».