Le jeu se déroule sur un ensemble d'îles situé dans une vaste mer, lieu inédit pour la franchise. Le joueur contrôle Link, enfant vivant sur l'île de l'Aurore avec sa sœur Arielle et leur grand-mère, qui tente de sauver sa sœur, prise pour la princesse Zelda à cause de ses oreilles pointues, du maléfique Ganondorf, et se retrouve impliqué dans une lutte pour sauvegarder la Triforce. Aidé par des alliés, dont la capitaine des piratesTetra (qui se révèle être la princesse Zelda) et un bateau parlant appelé Lion Rouge, Link navigue sur les étendues d'eau et explore des îles où il y parcourt divers donjons labyrinthiques pour obtenir le pouvoir nécessaire pour vaincre Ganondorf. Le vent, qui permet la navigation, joue un rôle de premier plan dans le gameplay et peut être contrôlé grâce à la Baguette du vent.
The Wind Waker est réalisé par Eiji Aonuma, et produit par Shigeru Miyamoto et Takashi Tezuka. Il conserve le gameplay en trois dimensions de ses prédécesseurs, Ocarina of Time et Majora's Mask, mais diffère au niveau des visuels, affichant des graphismes caractéristiques qui utilisent la technique du cel-shading donnant un aspect plus proche du dessin animé. Le jeu est salué par la presse spécialisée lors de sa sortie, bien que l'esthétique du jeu ait au départ divisé les joueurs et contribué à la faiblesse relative des ventes, le jeu totalisant 4,6 millions d'exemplaires écoulés. Comme ses prédécesseurs, il est depuis considéré comme l'un des plus grands jeux vidéo jamais réalisés. Le jeu connaît deux suites directes sur Nintendo DS affichant également des visuels en cel-shading, Phantom Hourglass sorti en 2007 et Spirit Tracks sorti en 2009. En 2013, Nintendo publie un remaster du jeu en haute définition sur Wii U intitulé The Legend of Zelda: The Wind Waker HD.
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