Un complexo proteico ou complexo multiproteico é un grupo de dúas ou máis cadeas polipeptídicas asociadas. As distintas cadeas polipeptídicas poden ter diferentes funcións. Cando as proteínas implicadas son encimas denomínase complexo encimático ou complexo multiencimático. Isto é diferente dun polipéptido multiencimático, o cal está formado por múltiples dominios proteicos catalíticos que forman parte dunha soa cadea polipeptídica.[1]
Os complexos proteicos constitúen unha forma de estrutura cuaternaria das proteínas. As proteínas dun complexo proteico están ligadas por interaccións proteína-proteína non covalentes, e diferentes complexos proteicos teñen distintos graos de estabilidade no tempo. Estes complexos son fundamentais en moitos (se non na maioría) dos procesos biolóxicos e en conxunto forman diversos tipos de maquinaria molecular que poden realizar un vasto conxunto de funcións biolóxicas. Cada vez máis os científicos consideran a célula como composta de complexos supramoleculares modulares, cada un dos cales realiza unha función biolóxica discreta independente.[2]
Grazas á proximidade dos encimas nun complexo, pode mellorarse enormente a velocidade e selectividade das interaccións de unión entre complexos encimáticos e substratos, o que fai que aumente a eficiencia no funcionamento celular. Desafortunadamente, moitas das técnicas utilizadas para romper e fraccionar as células e illar proteínas causan a destrución de moitos destes grandes complexos, o que fai máis difícil determinar os compoñentes dun complexo. Exemplos de complexos proteicos son o proteasoma utilizado para a degradación molecular e a maioría das ARN polimerases. Nos complexos estables, as interfaces hidrofóbicas amplas entre proteínas normalmente deixan tapadas áreas da superficie das proteínas maiores de 2 500 ángstroms cadrados.[3]