DrugBank

DrugBank é unha base de datos en liña de acceso libre, completa que contén información de fármacos e dianas de fármacos.^[1] DrugBank é un recurso tanto bioinformático coma quimioinformático que combina datos detallados de fármacos (é dicir, datos químicos, farmacolóxicos e farmacéuticos) con información completa das dianas de fármacos (é dicir, información de secuencias, estrutura, e rutas).^[1][2] Debido ao amplo ámbito que abrangue e as referencias completas e datos infrecuentemente ben detallados das descricións, DrugBank é máis parecida a unha enciclopedia de fármacos que a unha simple base de datos. Hai ligazóns a DrugBank para case todos os fármacos mencionados nas wikipedias. DrugBank utilízase amplamente na industria farmacéutica, polos químicos de medicamentos, farmacéuticos, médicos, estudantes e público en xeral. Os seus amplos datos de fármacos e dianas de fármacos permitiron o descubrimento e busca de novos usos para moitos dos fármacos existentes para tratar doenzas raras e de nova identificación.

A última versión que saíu desta base de datos é a 4.0, a cal contén 7677 entradas de fármacos incluíndo 1558 fármacos de pequenas moléculas aprobados pola FDA norteamericana, 155 fármacos biotecnolóxicos (proteína/péptido) aprobados pola FDA, 87 nutracéuticos e uns 6000 fármacos experimentais.^[3] Ademais, contén 4270 proteínas non redundantes (é dicir, secuencias de dianas de fármacos/encimas/transportadores/carrexadores) que están ligadas ás entradas destes fármacos. Cada entrada de DrugCard (Fig. 1) contén máis de 200 campos de datos coa metade da información dedicada a dar datos de fármacos/compostos químicos e a outra metade dedicada a datos de dianas de fármacos ou datos de proteínas.^[3]

Catro bases de datos adicionais, que son: HMDB,^[4] T3DB,^[5] SMPDB ^[6] e FooDB, forman tamén parte do paquete xeral de bases de datos metabolómicas/quimioinformáticas. A HMDB contén información equivalente de máis de 40000 metabolitos humanos, T3DB contén información de 3100 toxinas comúns e contaminantes ambientais, SMPDB contén diagramas de rutas de case 700 vías metabólicas humanas e vías de enfermidades, e FooDB contén información equivalente sobre ~28000 compoñentes de alimentos e aditivos alimentarios.

1. ↑ ^{1,0 1,1} Wishart, DS; Knox C; Guo AC; et al. (Jan 2006). "DrugBank: a comprehensive resource for in silico drug discovery and exploration". Nucleic Acids Research 34 (Database issue): D668-D672. PMC 1347430. PMID 16381955. doi:10.1093/nar/gkj067. 
2. ↑ Wishart, DS; Knox C; Guo AC; et al. (Jan 2008). "DrugBank: a knowledgebase for drugs, drug actions and drug targets". Nucleic Acids Research 36 (Database issue): D901–906. PMC 2238889. PMID 18048412. doi:10.1093/nar/gkm958. 
3. ↑ ^{3,0 3,1} Law, V; Knox C, Djoumbou Y, Jewison T, Guo AC, Liu Y, Maciejewski A, Arndt D, Wilson M, Neveu V, Tang A, Gabriel G, Ly C, Adamjee S, Dame ZT, Han B, Zhou Y, Wishart DS. (Jan 2014). "DrugBank 4.0: shedding new light on drug metabolism". Nucleic Acids Research 42 (Database issue): D1091-7. PMC 3965102. PMID 24203711. doi:10.1093/nar/gkt1068. 
4. ↑ Wishart, DS; Guo, AC, Eisner, R, Young, N, Gautam, B, Hau, DD, Psychogios, N, Dong, E, Bouatra, S, Mandal, R, Sinelnikov, I, Xia, J, Jia, L, Cruz, JA, Lim, E, Sobsey, CA, Shrivastava, S, Huang, P, Liu, P, Fang, L, Peng, J, Fradette, R, Cheng, D, Tzur, D, Clements, M, Lewis, A, De Souza, A, Zuniga, A, Dawe, M, Xiong, Y, Clive, D, Greiner, R, Nazyrova, A, Shaykhutdinov, R, Li, L, Vogel, HJ, Forsythe, I (Jan 2009). "HMDB: a knowledgebase for the human metabolome". Nucleic Acids Research 37 (Database issue): D603-10. PMC 2686599. PMID 18953024. doi:10.1093/nar/gkn810. 
5. ↑ Lim, E; Pon A; Djoumbou Y; Knox C; Shrivastava S; Guo AC; Neveu V; Wishart DS. (Jan 2010). "T3DB: a comprehensively annotated database of common toxins and their targets.". Nucleic Acids Research 38 (Database issue): D781-6. PMC 2808899. PMID 19897546. doi:10.1093/nar/gkp934. 
6. ↑ Jewison, T; Su Y; Disfany FM; et al. (Jan 2014). "Small Molecule Pathway Database.". Nucleic Acids Research 42 (Database issue): D478-84. PMC 3965088. PMID 24203708. doi:10.1093/nar/gkt1067.