O malonil-coencima A ou malonil-CoA é un tioéster formado por un grupo malonilo (derivado do ácido malónico) unido ao coencima A, coa fórmula C24H38N7O19P3S [1][2]. É moi importante no metabolismo de ácidos graxos e outras substancias. Como no enlace tioéster os dous compoñentes da molécula se unen por un átomo de xofre (S), ás veces aparece escrito así: malonil-S-CoA.