ENCODE (ראשי תיבות של: "Encyclopedia of DNA Elements" - אנציקלופדיה של מרכיבי DNA) הוא מיזם מחקר ציבורי שהושק על ידי המכון הלאומי לחקר הגנום האנושי בספטמבר 2003. לאחר השלמת פרויקט גנום האדם, שבו נקבע מהו רצף הבסיסים המרכיב את ה-DNA של האדם, עלה הצורך להבין את המשמעות הביולוגית של הרצף. מטרת מיזם ENCODE היא, לפיכך, לזהות את כל המרכיבים הפונקציונליים הנמצאים בגנום האנושי.
המיזם מאגד קבוצות מחקר רבות מרחבי העולם לקונסורציום. המידע שנצבר במיזם זה זמין לכל במאגרי מידע ציבוריים.