Histon H3 je jedan od pet histona (bazični proteini) koje pronalazimo u jezgri stanice. Njegova molekularna masa je 15 kDa. Osnovna uloga histona H3 je stvaranje tetramera zajedno s histonom H4 koji se onda ugrađuje u nukleosom nakon sinteze DNA i prije ugrađivanja H2A-H2B dimera. Kompleksi histona služe kako bi se lanac DNA mogao uspješno spiralizirati u kromosome.