Papinsku rimsku inkviziciju ustanovio je papa Grgur IX., a istražni je postupak bio povjeren posebnim papinim povjerenicima. Dok je crkvena hijerarhija moralno sve dublje padala (ponajviše u X. stoljeću - pornokracija u papinskom Rimu), u to vrijeme "heretici, uzajamno ne povezani pojedinci, obični ljudi i poneki fanatici, držeći se Kristove nauke, kako je prikazana u Bibliji žele popraviti prilike u crkvi i svijetu. Za vrijeme Grgura VII. (1075. – 87.) pape kao "namjesnici Kristovi" počinju tražiti vrhovnu i univerzalnu vlast na Zemlji. "Heretici" su smatrali Rimskog papu neprijateljem pravoga Boga, a Isusa Krista smatrali su poglavarom crkve. Tada dolazi papa Grgur IX. te u razdoblju (1231. – 1235.) počinje slati svoje delegate (inkvizitore) kao suce koji su djelovali usporedno s nadležnim biskupom.