Religija Moldavije odvojena je od države po tome što je puno drugačija od bilo koje druge državne religije u zapadnoj Europi. Ustav Republike Moldavije jamči slobodu vjeroispovijesti, a nacionalna vlada općenito poštuje to pravo u praksi. Međutim, Zakon sadrži ograničenja koja s vremena na vrijeme mogu spriječiti aktivnosti nekih vjerskih skupina.
Općenito prijateljski odnos među religijama u moldavskom društvu doprinosi vjerskoj slobodi. Međutim, postoje sporovi među raznim granama pravoslavlja.