Rfam

Rfam
Kategória	biológiai adatbázis
Licenc	Közkincs
A Rfam weboldala

Az Rfam nem kódoló RNS- (ncRNS-) családokról és más strukturált RNS-ekről szóló információt tartalmazó adatbázis. Jelölt, nyílt hozzáférésű adatbázis, melyet a Wellcome Trust Sanger Institute fejlesztett a Janelia Farmmal együttműködve,^[1][2][3][4] és jelenleg a European Bioinformatics Institute működteti.^[5] Az Rfam a fehérjecsaládokat leíró Pfamhez hasonlóan működik.

A fehérjékkel szemben az ncRNS-ek másodlagos szerkezete hasonló lehet elsődleges szerkezetükben lévő jelentős hasonlóság nélkül. Az Rfam az ncRNS-eket közös ősük alapján sorolja be. E családok többszekvenciás rendezése (MSA) lehetővé teszi a szerkezetük és működésük megismerését, hasonlóan a fehérjecsaládokhoz. Ezen MSA-k hasznos lehet a másodlagos szerkezetről szóló információ hozzáadásával.^[4][6]

1. ↑ Griffiths-Jones S, Bateman A, Marshall M, Khanna A, Eddy SR (2003). „Rfam: an RNA family database”. Nucleic Acids Res. 31 (1), 439–41. o. DOI:10.1093/nar/gkg006. PMID 12520045. PMC 165453. 
2. ↑ Griffiths-Jones S, Moxon S, Marshall M, Khanna A, Eddy SR, Bateman A (2005). „Rfam: annotating non-coding RNAs in complete genomes”. Nucleic Acids Res. 33 (Database issue), D121–4. o. DOI:10.1093/nar/gki081. PMID 15608160. PMC 540035. 
3. ↑ Gardner PP, Daub J, Tate JG et al. (2008. október 1.). „Rfam: updates to the RNA families database”. Nucleic Acids Research 37 (Database issue), D136–D140. o. DOI:10.1093/nar/gkn766. PMID 18953034. PMC 2686503. 
4. ↑ ^{a b} Gardner PP, Daub J, Tate J, Moore BL, Osuch IH, Griffiths-Jones S, Finn RD, Nawrocki EP, Kolbe DL, Eddy SR, Bateman A (2011). „Rfam: Wikipedia, clans and the "decimal" release.”. Nucleic Acids Res 39 (Database issue), D141–5. o. DOI:10.1093/nar/gkq1129. PMID 21062808. PMC 3013711. 
5. ↑ Moving to xfam.org. Xfam Blog. (Hozzáférés: 2014. május 3.)
6. ↑ Forráshivatkozás-hiba: Érvénytelen <ref> címke; nincs megadva szöveg a(z) pmid18945806 nevű lábjegyzeteknek