Ekspedisi Siboga adalah ekspedisi zoologis dan hidrografis Belanda ke Hindia Belanda Timur (kini Indonesia) dari Maret 1899 hingga Februari 1900. Pemimpin ekspedisi ini adalah Max Wilhelm Carl Weber. Dari ekspedisi ini dapat dituturkan bahwa perbedaan fauna di Indonesia ada hubungannya dengan terbentuknya paparan Sunda dan paparan sahul pada zaman es. Setelah terjadi pencairan es, dataran rendah yang berada di bawah paparan Sunda dan paparan sahul akan tergenang oleh air. Karena paparan Sunda masih berhubungan dengan benua asia, maka hewan yang hidup pun mirip dengan hewan yang berada di kawasan asia. Contoh hewannya adalah gajah, badak, harimau, dan singa. Sedangkan paparan Sahul masih berhubungan dengan benua Australia. Maka hewan yang hidup mirip dengan hewan yang berada di wilayah Australia. Contoh hewannya adalah trenggiling, kanguru, dan berbagai jenis burung. Wilayah yang berada di antara kedua paparan tersebut menjadi peralihan jenis fauna yang ada, contoh hewannya adalah anoa dan babirusa.[1] Peserta lain adalah istrinya Anna Weber-van Bosse, zoolog dan asisten pertama Jan Versluys, zoolog dan asisten kedua Hugo Nierstrasz, fisikawan A. Schmidt dan kartograf J.W. Huysmans. Kapten ekspedisi ini, Gustaaf Tydeman, mengurus pengukuran hidrografis. Ekspedisi ini menghasilkan 130 monografi yang terbit berseri. Kebanyakan ekspedisi ini berkaitan dengan zoologi, botani, hidrografi, dan geologi.[2]