Di Indonesia, flu burung ditemukan pada akhir tahun 2003. Kasusnya kemudian meluas ke hampir seluruh wilayah Indonesia dan dalam empat tahun, penyakit ini mengakibatkan lebih dari 16 juta kematian unggas. Infeksi pada manusia pertama kali dilaporkan pada tahun 2005 dan terakhir pada 2017. Saat ini, tiga provinsi di Indonesia, yaitu Maluku, Maluku Utara, dan Papua, telah ditetapkan sebagai zona bebas flu burung pada unggas.