KA Bengawan hanya berhenti di Cikarang, Haurgeulis, Jatibarang, Cirebon Prujakan dan Bumiayu
KA Fajar Utama Yogyakarta hanya berhenti di Cikampek (arah Yogyakarta), Haurgeulis, Terisi (arah Yogyakarta), Jatibarang (arah Jakarta), Ciledug (arah Yogyakarta), Ketanggungan, Gombong dan Kebumen
KA Senja Utama Yogyakarta hanya berhenti di Jatibarang untuk mengarah Yogyakarta
KA Sawunggalih Pagi dan Kutojaya Utara mengarah Jakarta hanya berhenti di Kutowinangun
KA Sawunggalih Pagi hanya berhenti di Cikarang (arah Kutoarjo), Haurgeulis, Terisi, Jatibarang dan Ciledug
KA Sawunggalih Malam mengarah Kutoarjo hanya berhenti di Cikarang dan Kutowinangun
KA Gajahwong mengarah Jakarta hanya berhenti di Prupuk
KA Bogowonto hanya berhenti di Cikarang dan Jatibarang
KA Progo mengarah Jakarta hanya berhenti di Karanganyar, Prupuk, Ketanggungan dan Haurgeulis
Semua layanan kereta api mengarah Pasar Senen berhenti di Jatinegara
Nama kereta api ini diambil dari nama sungai terpanjang pertama di Pulau Jawa yang mengalir melalui tiga provinsi ini yaitu Jawa Timur (bagian utara), Jawa Tengah (bagian tengah) dan Yogyakarta (bagian selatan) bernama Sungai Bengawan.