Mikrobiologi industri adalah pertumbuhan mikroorganisme dalam jumlah besar, di bawah keadaan terkendali, yang bertujuan untuk menghasilkan produk yang bernilai ekonomi dan bermanfaat. Di lihat dari sudut perindustrian, mikroorganisme merupakan pabrik zat kimia yang mampu melakukan perubahan yang dikehendaki. yaitu dengan merombak bahan mentah (beberapa komponen dari medium tempat tumbuhnya dan yang dapat dianggap sebagai substrat) mengubah bahan mentah ini menjadi suatu produk baru.
Industri mikrobiologi digolongkan ke dalam beberapa kategori diantaranya :