| Muzaffar Syah II | |
|---|---|
| Khalifatul Mukminin Zilullah fil Alam, Paduka Sri Sultan | |
| Raja Johor Riau ke-2 | |
| Berkuasa | 1564–1570 |
| Penobatan | 1564 |
| Pendahulu | Sultan Alauddin Riayat Syah II |
| Penerus | Sultan Abdul Jalil Syah I |
| Kematian | 1564 Seluyut |
| Istri |
|
| Keturunan | Sultan Abdullah Muayat Syah |
| Dinasti | Melaka |
| Ayah | Sultan Alauddin Riayat Shah II |
| Ibu | Raja Kesuma Dewi binti Sultan Mansyur Syah Pahang |
Sultan Muzaffar Syah II (1546–1570) adalah Sultan Johor-Riau kedua. Ia dikenal sebagai Raja Muda Perdana sebelum naik takhta. Ia dilantik sebagai Sultan Johor pada tahun 1564 oleh orang Aceh setelah ayahnya, Sultan Alauddin Riayat Syah II , meninggal tak lama setelah ia ditangkap dan dibawa kembali ke Aceh setelah invasi orang Aceh ke Johor.
Muzaffar II memindahkan ibu kotanya ke Seluyut pada tahun 1565 dari Johor Lama untuk menegaskan kemerdekaannya dari Aceh. Pada tahun 1570, baginda mangkat di Seluyut, dan digelar "Marhum Mangkat di Seluyut".