Faksi Ilaga (sebelumnya Yambi) di bawah Lekagak Telenggen[8]
Faksi Sinak (sebelumnya Gome) di bawah Militer Murib, terpecah dari kelompok di bawah Lekagak Telenggen[9][8]
Faksi Ndugama di bawah pimpinan Egianus Kogoya[10]
Faksi Intan Jaya (sebelumnya Tembagapura), sebelumnya berada di bawah pimpinan Sabinus Waker[11][8] tetapi membelot ke WPA. Saat ini dipimpin oleh Undius Kogoya.[7]
Faksi Kalikopi di bawah pimpinan Joni Botak Beanal[13]
Faksi Ngalum Kupel di bawah pimpinan Lamek Alipky Taplo[13]
Operasi Damai Cartenz[14] (sebelumnya Operasi Nemangkawi), adalah sebuah operasi gabungan yang dilakukan oleh Tentara Nasional Indonesia dan Kepolisian Negara Republik Indonesia untuk menumpas pemberontak separatis bersenjata di Papua.[15] Menurut Kapolda Papua, Mathius Fakhiri, saat ini terdapat enam kelompok separatis aktif yang sebagian besar berada di dataran tinggi Papua.[16] Sementara ada dua kelompok yang menjadi kurang aktif atau pensiun setelah Operasi Nemangkawi. Faksi Tinggi Nambut di bawah pimpinan Goliath Tabuni dikalahkan pada bulan Oktober 2018, dan 10 orang anggotanya berhasil ditundukkan oleh Polisi. Goliath Tabuni pindah ke Distrik Gome dan diduga telah pensiun. Faksi Lanny Jaya di bawah pimpinan Purom Wenda menjadi kurang aktif setelah operasi Polisi di Distrik Balingga dan markasnya di Kali Mau.[5] Beberapa anggota kelompok ini keluar dan "kembali" ke Indonesia.[17]