Pektinase adalah enzim yang digunakan dalam proses degradasi molekul pektin (sejenis kompleks polisakarida).[1] Di dalam sel tanaman, pektin banyak berperan dalam membentuk struktur tubuh yang kuat.[1] Terdapat beberapa jenis molekul pektin yang dapat didegradasi oleh pektinase, antara lain protopektin, pektin, asam pektinat, asam pektik, dan rhamnogalakturonan.[1]