Pektinesterase (PE) adalah enzim golongan pektinase yang mampu menghidrolisis senyawa pektin.[1] Enzim ini bekerja secara spesifik pada gugus metoksi dari dari residu 6-karboksil pada rantai utama senyawa galakturonan.[1] Hasil dari degradasi senyawa pektin ini adalah asam pektik, metanol, dan proton.[1]