Perbedaan seks dan gender adalah perbedaan antara seks (anatomi sistem reproduksi serta karakteristik seksual sekunder seseorang) dan gender—peran sosial berdasarkan seks seseorang (peran gender) atau identifikasi gender diri seseorang (identitas gender).[1] Dalam beberapa kasus seperti untuk orang transgender, seks yang ditunjuk terhadap seseorang saat lahir tidak selaras dengan gendernya.[1] Pada kasus lainnya seperti untuk orang interseks, seseorang dapat memiliki karakteristik seksual yang menyulitkan proses penunjukan seks.
Perbedaan antara seks dan gender tidak berlaku universal. Kata jenis kelamin/seks dan gender dipakai bergantian dalam penggunaannya sehari-hari.[2][3] Beberapa kamus dan bidang studi memiliki definisi yang berbeda untuk kedua istilah tersebut. Beberapa bahasa (seperti bahasa Jerman dan Finlandia) tidak memiliki kata yang berbeda untuk seks dan gender sehingga pembedaan dilakukan melalui konteks.[4][5]
Istilah perbedaan seks (bukan perbedaan gender) di dalam sains umumnya digunakan untuk menyebut karakteristik dimorfisme seksual yang diasumsikan muncul melalui evolusi akibat dari seleksi seksual.[6][7]