Le cause principali dell'acidificazione delle acque dolci sono le deposizioni atmosferiche e la lisciviazione nel suolo di SOx e NOx[1]. L'acqua dolce diventa acida quando gli apporti acidi superano la quantità di basi prodotte nel corpo idrico attraverso l'erosione delle rocce, o in seguito alla riduzione di anioni acidi, come il solfato e il nitrato all'interno dell'acqua stessa[1].
In un ecosistema sensibile all'acido, che include la roccia madre a lenta maturazione[non chiaro] e le riserve di cationi esaurite, il deflusso di SOx e NOx sarà accompagnato da ioni idrogeno acidificanti e da alluminio inorganico, i quali possono essere tossici per gli organismi dulciacquicoli[1]. Anche le piogge acide contribuiscono all'acidificazione dell'acqua dolce, tuttavia queste si formano quando SOx e NOx reagiscono con acqua, ossigeno e sostanze ossidanti presenti all'interno delle nuvole[2]. Oltre a SOx e NOx, la capacità tampone dei suoli e delle rocce all'interno dell'ecosistema d'acqua dolce può contribuire all'acidità dell'acqua. Ogni corpo d'acqua dolce ha una capacità di tamponare gli acidi[1], tuttavia, con un eccesso di acidi nella riserva d'acqua, la capacità di tamponamento essenzialmente si "esaurirà" e l'acqua finirà per diventare più acida[1]. L'aumento della CO2 atmosferica influenza l'acidità dell'acqua dolce in modo molto simile a quanto accade negli ecosistemi oceanici[3]. Tuttavia, a causa dei vari flussi di carbonio negli ecosistemi d'acqua dolce, è difficile quantificare gli effetti della CO2[4] antropogenica.