Un agente intercalante (o, più semplicemente, un intercalante) è una molecola, di solito di tipo planare, in grado di inserirsi trasversalmente nei filamenti di DNA, mediante un meccanismo scoperto da Leonard Lerman e detto intercalazione.
Tra gli inquinanti ambientali importanti esempi di agenti intercalanti sono i benzopireni e i loro derivati. Gli agenti intercalanti sono utilizzati ampiamente in diverse tecniche di biologia molecolare, essi sono comunque normalmente utilizzati anche per fini farmacologici: molti inibitori delle topoisomerasi, utilizzati come antimalarici e antitumorali, sono infatti molecole intercalanti.
Le molecole intercalanti in grado di inserirsi fra i solchi del DNA e legarsi con le basi possono essere agenti antitumorali come la daunomicina o agenti tumorali.