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Si parla di cromatografia di ripartizione quando la fase mobile è un liquido che impregna un solido granulare inerte (la fase stazionaria), in cui le sostanze da separare si solubilizzano.
Durante l'eluizione le molecole delle sostanze si dispongono (ripartiscono) dinamicamente tra le due fasi a seconda della loro affinità in esse. Scontato ma importante, le fasi (stazionaria e mobile) devono essere immiscibili fra loro.
Le due tecniche che ad oggi sfruttano il principio della ripartizione sono la gascromatografia e la cromatografia liquida ad alta prestazione (HPLC).
Il fenomeno della ripartizione viene sfruttato per la separazione in colonna degli analiti, che a seconda delle caratteristiche chimico fisiche si legheranno più o meno stabilmente alla fase stazionaria e quindi avranno diverso tempo di ritenzione.