L'effetto del fondatore è un processo che determina una perdita parziale della variabilità genetica in una popolazione che si è sviluppata a partire da un piccolo numero di individui appartenuti ad una più ampia, a seguito di un prolungato isolamento da quella di origine.
Tra le conseguenze più visibili di tale fenomeno vi è l'incremento di malattie genetiche nella nuova popolazione.
L'effetto fu descritto per la prima volta da Ernst Mayr nel 1963.