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La terza stagione della serie televisiva X-Files è andata in onda negli Stati Uniti su FOX dal 22 settembre 1995 al 17 maggio 1996.
In Italia è stata trasmessa su Italia 1 dal 22 settembre 1996 al 3 aprile 1997. Nella sua prima trasmissione italiana non è stato seguito l'ordine cronologico originale degli episodi; in particolare, i primi due episodi sono stati trasmessi circa a metà della stagione, preceduti dall'episodio 2x25, con il quale formano una storia unica.
| nº | Titolo originale | Titolo italiano | Prima TV USA | Prima TV Italia |
|---|---|---|---|---|
| 1 | The Blessing Way | Il rituale | 22 settembre 1995 | 5 novembre 1996 |
| 2 | Paper Clip | Operazione Paper Clip | 29 settembre 1995 | |
| 3 | D.P.O. | Fulmini | 6 ottobre 1995 | 22 settembre 1996 |
| 4 | Clyde Bruckman's Final Repose | Previsioni | 13 ottobre 1995 | |
| 5 | The List | La lista | 20 ottobre 1995 | 29 settembre 1996 |
| 6 | 2Shy | Liposuzione | 3 novembre 1995 | |
| 7 | The Walk | Fuori dal corpo | 10 novembre 1995 | 6 ottobre 1996 |
| 8 | Oubliette | Rapimenti | 17 novembre 1995 | |
| 9 | Nisei | Autopsia di un alieno I | 24 novembre 1995 | 26 novembre 1996 |
| 10 | 731 | Autopsia di un alieno II | 1º dicembre 1995 | |
| 11 | Revelations | Miracoli | 15 dicembre 1995 | 13 ottobre 1996 |
| 12 | War of the Coprophages | Scarafaggi | 5 gennaio 1996 | |
| 13 | Syzygy | Congiunzione astrale | 26 gennaio 1996 | 20 ottobre 1996 |
| 14 | Grotesque | Il volto del maligno | 2 febbraio 1996 | |
| 15 | Piper Maru | L'ufo degli Abissi I | 9 febbraio 1996 | 12 novembre 1996 |
| 16 | Apocrypha | L'ufo degli Abissi II | 16 febbraio 1996 | |
| 17 | Pusher | Il persuasore | 23 febbraio 1996 | 27 ottobre 1996 |
| 18 | Teso Dos Bichos | L'urna maledetta | 8 marzo 1996 | |
| 19 | Hell Money | Estrazioni macabre | 29 marzo 1996 | 19 novembre 1996 |
| 20 | Jose Chung's From Outer Space | Dov'è la verità? | 12 aprile 1996 | 3 dicembre 1996 |
| 21 | Avatar | Visite in sogno | 26 aprile 1996 | 19 novembre 1996 |
| 22 | Quagmire | Il mistero del lago | 3 maggio 1996 | 21 novembre 1996 |
| 23 | Wetwired | Messaggi occulti | 10 maggio 1996 | |
| 24 | Talitha Cumi | Il guaritore | 17 maggio 1996 | 3 aprile 1997 |