Il Gran Premio motociclistico del Giappone 2003 corso il 6 aprile, è stato il primo Gran Premio della stagione 2003 e ha visto vincere nella MotoGP la Honda di Valentino Rossi, nella classe 250 la Aprilia di Manuel Poggiali e nella classe 125 la Aprilia di Stefano Perugini.
La stagione si apre in modo tragico, con l'incidente del pilota giapponese Daijirō Katō; mentre si apprestava ad affrontare l'ultima chicane prima dell'arrivo durante il secondo giro della gara della classe MotoGP, il pilota fu sbalzato dalla moto e sbatté contro le protezioni esterne, a causa dell'impatto il pilota entrò in coma per poi morire due settimane dopo per le lesioni riportate. Per motivi di sicurezza dalla stagione successiva il GP del Giappone venne spostato sul circuito di Motegi.