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ISO 3166-2:EE è uno standard ISO che definisce i codici geografici dell'Estonia ed è un sottogruppo del codice ISO 3166-2.
Tali codici sono stati assegnati alle quindici contee e i 79 comuni del paese e sono formati dalla sigla EE-, seguita un codice numerico a due o tre cifre (rispettivamente per le contee e per i comuni).