Un marcatore genetico è una sequenza di DNA conosciuta che può essere identificata mediante un semplice saggio. Un marcatore genetico può essere costituito da una breve sequenza di DNA, come la sequenza che circonda un polimorfismo a singolo nucleotide (single nucleotide polymorphism), o da una sequenza lunga, come i microsatelliti. Per molti anni, la mappatura genetica fu limitata a molti organismi a marcatori genetici tradizionali che includono geni che codificano caratteristiche osservabili facilmente, come sangue o semi. L'insufficiente numero di questi tipi di caratteristiche, in molti organismi, ha limitato la mappatura possibile[1].