Margherita Mussi (Treviso, 31 agosto 1948) è un'archeologa italiana.
Ha insegnato all'Università di Roma La Sapienza dal 1974 al 2009. La sua ricerca si concentra sulla colonizzazione paleolitica dell'Italia e dell'Europa nel Pleistocene medio e tardo, da una parte, e sull'arte e la cultura funeraria del Paleolitico e sull'evoluzione umana in Africa orientale. Ha scritto alcune opere particolarmente importanti sulla preistoria dell'Italia.