Le parrocchie dell'arcidiocesi di Milano sono 1 105. Di queste, 1 099 sono raggruppate in 63 decanati, a loro volta ripartiti tra 7 zone pastorali. Vi sono poi 4 parrocchie ospedaliere e 2 parrocchie personali.
Questa suddivisione delle parrocchie in decanati e zone pastorali risale al sinodo diocesano del 1972, celebrato durante l'episcopato del cardinale Giovanni Colombo. Precedentemente la suddivisione era in porte cittadine per il territorio urbano di Milano e in vicariati foranei o pievi per il territorio foraneo, cioè al di fuori della città di Milano. Il territorio foraneo era poi anche suddiviso in regioni forensi.
Con un provvedimento dell'arcivescovo Dionigi Tettamanzi del 2006 sono state istituite le cosiddette "comunità pastorali": questo raggruppamento di più parrocchie, affidate ad un unico parroco, senza perdere l'identità di ogni singola parrocchia, affianca o sostituisce le già esistenti unità pastorali.
In ogni decanato il clero elegge il decano, che viene poi confermato in tale funzione dall'arcivescovo, scegliendolo tra i parroci delle parrocchie o tra i responsabili delle comunità pastorali che compongono il decanato stesso. Non necessariamente il decano è il parroco della parrocchia che dà il nome al decanato.
Lo stesso arcivescovo nomina a capo di ogni zona pastorale un proprio vicario episcopale, che in alcuni casi può anche essere un vescovo ausiliare.