Il Programma Flagship è costituito da una serie di missioni della NASA per l'esplorazione del Sistema solare. Costituisce la più grande e costosa delle tre classi di missioni per l'esplorazione del Sistema solare della NASA; le altre due sono indicate come Programma New Frontiers, a medio costo, e Programma Discovery, a basso costo.
La NASA prevede un costo superiore al miliardo di dollari per una missione di classe Flagship. Queste missioni sono cruciali nel permettere all'uomo di raggiungere ed esplorare target ad alta priorità. Questi obiettivi altamente critici potrebbero aiutare a stabilire i limiti dell'abitabilità planetaria, non solo per il Sistema solare, ma per sistemi planetari in generale. In particolare, essi potrebbero fornire una possibilità di identificare molecole organiche prebiotiche o anche la presenza di vita al di fuori della Terra, se esiste. Il Programma Flagship può includere missioni complesse verso l'atmosfera e la superficie di Venere, l'atmosfera inferiore e la superficie di Titano, la superficie e l'oceano sotterraneo di Europa, l'atmosfera tempestosa di Giove, la superficie polverosa di Marte, il sistema degli anelli di Saturno, le profonde atmosfere dei giganti di ghiaccio Urano e Nettuno, la superficie di Tritone, i pennacchi di Encelado, la superficie e magnetosfera di Mercurio, e la superficie del nucleo di una cometa sotto forma di campioni criogenicamente conservati.[1]