Inizia la carriera professionistica in patria nel Dravograd con cui gioca dal 1996 sino al 2001, anno in cui si trasferisce al Publikum Celje dove militerà per tre stagioni. Nel 2004 passa, fino al 2007, al Lillestrøm in Norvegia per poi trasferirsi in Premier League. Gioca fino al 2010 al West Bromwich Albion ed in seguito all'Hull City fino al 2014. Dopo questa esperienza, si trasferisce in Australia al Melbourne City.
Con la nazionale maggiore Koren, con cui ha militato dal 2003 al 2012, ha disputato 61 gare andando in gol 5 volte. Ha disputato il Mondiale 2010 da capitano della Slovenia, andando in gol nella gara d'esordio contro l'Algeria