Il sistema immunitario innato (conosciuto anche come sistema immunitario non specifico) è un sottosistema del sistema immunitario. Esso comprende cellule e molecole solubili che nell'insieme difendono l'ospite (denominato self) dall'infezione e dalla colonizzazione di altri organismi (denominati non-self).
È stato il primo sottosistema immunitario a svilupparsi e pertanto è presente in tutti gli organismi pluricellulari. È il sistema dominante nelle piante, funghi, insetti e organismi primitivi multicellulari.[1] Solo nei vertebrati viene affiancato dal sistema immunitario adattativo, la porzione complementare al sistema immunitario innato. Nonostante la sua antichità, nei vertebrati e soprattutto nell'uomo, il sistema immunitario innato è il primo ad intervenire in caso di infezione da parte di agenti patogeni.
La risposta innata infatti si scatena nel giro di poche ore dall'infezione a differenza della risposta adattativa, che può richiedere giorni o addirittura settimane. L'immunità innata non è dissociata dall'immunità adattativa; esse si influenzano a vicenda mediante la produzione di mediatori e l'utilizzo "condiviso" di cellule immunitarie (un esempio principe sono le cellule presentanti l'antigene; esse "connettono" materialmente il sistema immunitario innato a quello adattativo).