La storia delle ferrovie in Svizzera ha inizio a metà del XIX secolo con la costruzione e la gestione di linee ferroviarie intrapresa essenzialmente dai privati. La prima linea interamente in territorio svizzero, dell'estensione di 16 km, venne aperta tra Zurigo e Baden nel 1847 ma, a partire dal 1860, la parte occidentale della Svizzera era già collegata a quella nord-orientale. La prima ferrovia aperta attraverso le Alpi fu quella del Gottardo nel 1882. La seconda linea attraverso le Alpi fu quella del Sempione nel 1906.
Nel 1901 ebbe inizio la statalizzazione delle linee più importanti costituendo le Ferrovie Federali Svizzere che vennero potenziate ed elettrificate nel corso della prima metà del XX secolo. Dopo la seconda guerra mondiale, come in tante altre nazioni, anche in Svizzera le ferrovie accusarono un forte calo del traffico in conseguenza dell'aumento del trasporto su strada individuale e commerciale. Ciò indusse il Governo Federale a prendere decise iniziative per l'ammodernamento e il potenziamento delle tratte ferroviarie e, dagli anni settanta in poi, specialmente nelle aree urbane e suburbane; venne così varato il progetto Ferrovia 2000 che si proponeva il riassetto generale con accorpamenti, potenziamenti e in qualche caso dismissioni di tratte ferroviarie. In aggiunta a questo vennero implementati grandi progetti, come quello denominato AlpTransit, per il riassetto delle grandi direttrici transalpine del Gottardo e del Lötschberg in direzione del Sempione.