Di Macedonia Utara, agama yang paling biasa ialah Kristian Ortodoks Timur, yang diamalkan terutamanya oleh etnik Macedonia, Serbia, Vlach, dan Romanis. Sebahagian besar Ortodoks Timur di negara ini adalah milik Gereja Ortodoks Macedonia, yang mengisytiharkan autocephaly daripada Gereja Ortodoks Serbia pada tahun 1967.
Muslim ialah kumpulan agama kedua terbesar dengan hampir satu pertiga daripada penduduk menganut Islam, terutamanya daripada penduduk Albania, Roma, Turki, Bosniak, dan Torbeši di negara itu. Terdapat juga banyak kumpulan agama lain di Macedonia Utara, termasuk Katolik, Protestan, dan Yahudi.
Pada tahun 2011, melalui tinjauan yang dijalankan oleh Ipsos MORI, komposisi agama Macedonia Utara didapati 70.7% Kristian, dibahagikan kepada 69.6% Ortodoks Timur dan 0.4% Katolik dan Protestan, dan 28.6% Muslim, dengan Muslim yang tidak bersekutu membentuk 25.6%.[3]
Menurut bancian rasmi 2021, komposisi agama Macedonia Utara ialah 60.44% Kristian daripada semua denominasi, 32.17% Muslim, 0.59% ateis atau agnostik, dan 7.26% lain atau tidak ditentukan (kebanyakannya orang Macedonia ortodoks mengikut pendaftaran).[4][5]