Kebanyakan Orang Jepun tidak mengenal pasti diri mereka sebagai penganut bagi satu agama semata-mata; sebaliknya, mereka menggabungkan unsur-unsur pelbagai agama dalam gaya Sinkretisme [1] yang dikenali sebagi Shinbutsu shūgō (神仏習合 , penyatuan dewa-dewi dan buddha). Shinbutsu Shūgō secara rasminya berakhir dengan arahan pemisahan Shinto dan Agama Buddha pada 1886, tetapi masih diamalkan.Oleh itu Shinto dan Agama Buddha di Jepun tidak difahamkan sebagai dua agama yang berbeza sepenuhnya tetapi lebih sebagai sebuah sistem agama yang agak kompleks.[2]
Jepun menjamin kebebasan agama penuh yang membenarkan agama ,minoriti seperti Kristian, Islam, Hindu dan Sikhism diamalkan. Rajah yang menyatakan 84% hingga 96% orang Jepun menganut Shinto dan Agama Buddha tidak berdasarkan kepada pengakuan sendiri tetapi biasanya diambil daripada rekod kelahiran, berikutan dengan amalan yang beransung lama rasminya mengaitkan baris keluarga dengan Kuil Buddha atau Kuil Shinto.[3][4][5][6]
Kira-kira 70 peratus Orang Jepun mengaku tidak mempunyai keahlian agama,[7][8] menurut Johnstone (1993:323), 84% Orang Jepun mengaku tidak mempunyai agama peribadi. Dalam soal selidik bancian, kurang dari 15 peratus melaporkan mempunyai kaitan dengan sebarang agama formal pada tahun 2000.[9] Dan menurut Demerath (2001:138), 64% tidak mempercayai Tuhan, dan 55% tidak memepercayai Buddha.[10] Menurut Elisabeth Bumiller, Edwin Reischauer, dan Marius Jansen, sebahagian 70 hingga 80 peratus orang Jepun kerap memberitahu pebanci yang mereka tidak menganggap diri mereka sebagai penganut sebarang agama.[11][12] Menurut James Killian, antara 64% dan 80% orang Jepun menyatakan diri mereka sebagai atheists, agnostik, atau bukan-penganut.[13] Jalan-jalan di Jepun didekorasikan pada Tanabata, Obon dan Krismas kerana ramai orang menganggap amalan tersebut bukan sebagai sambutan agama tetapi sebagai budaya.