Disebabkan peminggiran yang dihasilkan oleh Dasar Penempatan Semula yang berterusan pada awal Mindanao dan Sulu dimasukkan ke wilayah Komanwel Filipina pada 1935, pada tahun 1969, ketegangan politik dan permusuhan terbuka yang dikembangkan antara Kerajaan Filipina dan kumpulan pemberontak Muslim Moro.[31] Peningkatan Pemberontakan Moro akhirnya dicetuskan oleh pembunuhan Jabidah, yang menyaksikan pembunuhan 60 komando Muslim Filipina dalam operasi yang dirancang untuk menuntut semula bahagian timur negara Sabah. Sebagai respon, profesor Universiti Filipina Nur Misuari menubuhkan Barisan Pembebasan Kebangsaan Moro (MNLF), sebuah kumpulan pemberontak bersenjata yang komited untuk menubuhkan entiti bebas yang terdiri daripada Mindanao, Sulu, dan Palawan. Selama bertahun-tahun berturut-turut, MNLF telah berpecah kepada beberapa kumpulan yang berbeza termasuk Barisan Pembebasan Islam Moro (MILF), yang ingin menubuhkan sebuah negara Islam di Filipina. Pemberontakan Moro didasarkan pada sejarah perlawanan lama oleh rakyat Bangsamoro terhadap pemerintahan asing, sejak kembali ke pengambilan Amerika Filipina pada tahun 1898 walaupun mereka bukan sebahagian daripada Akta Perang Sepanyol. Sejak itu, rintangan Moro terus bertahan terhadap kerajaan Filipina.[32]
Statistik kecederaan berbeza untuk konflik; bagaimanapun, anggaran konservatif Program Data Konflik Uppsala menunjukkan bahawa sekurang-kurangnya 6,015 orang terbunuh dalam konflik bersenjata antara Kerajaan Filipina dan ASG, BIFM, MILF, dan puak MNLF antara 1989 dan 2012.
^"Philippines rebel leader arrested". BBC News. 25 November 2001. Diarkibkan daripada yang asal pada September 26, 2015. Dicapai pada 26 September 2015. Malaysia's Inspector-General of Police Norian Mai said Mr Misuari and six of his followers were arrested at 3.30 am on Saturday (1930 GMT Friday) on Jampiras island off Sabah state. Manila had ordered his arrest on charges of instigating a rebellion after the government suspended his governorship of an autonomous Muslim region in Mindanao, the ARMM. Although the Philippines has no extradition treaty with Malaysia, the authorities have already made clear that they intend to hand Mr Misuari over to the authorities in Manila as soon as possible. Malaysian Prime Minister Mahathir Mohamad had said before the arrest that, although his country had provided support to the rebel group in the past in its bid for autonomy, Mr Misuari had not used his powers correctly. "Therefore, we no longer feel responsible to provide him with any assistance," he said.Unknown parameter |deadurl= ignored (bantuan)
^Cochrane, Joe (May 2006). "Ticking Time Bombs". Newsweek International. MSN. Diarkibkan daripada yang asal pada 20 September 2006. Unknown parameter |deadurl= ignored (bantuan)
^Shanti Nair (11 January 2013). Islam in Malaysian Foreign Policy. Routledge. m/s. 67–. ISBN978-1-134-96099-6. Mustapha was directly implicated in the provision of training facilities for separatist Moro guerrillas as well harbouring Moro Muslim refugees in Sabah due to his ethnic connection.
^ abcLisa Huang; Victor Musembi; Ljiljana Petronic (Jun 21, 2012). "The State-Moro Conflict in the Philippines"(PDF). Carleton. Diarkibkan daripada yang asal(PDF) pada September 29, 2015. Dicapai pada September 29, 2015. Unknown parameter |deadurl= ignored (bantuan)