Struktur primer protein ialah tatasusunan linear asid amino dalam peptida atau protein.[1] Mengikut konvensyen, struktur utama protein disebut bermula dari hujung terminal amino (N) hingga hujung terminal karboksil (C). Biosintesis protein paling kerap dilakukan oleh ribosom dalam sel. Peptida juga boleh disintesis di makmal. Struktur primer protein boleh dijujukan secara langsung, atau disimpulkan daripada jujukan DNA.