Autofagie (Grieks: αυτο 'zelf' en φαγειν 'eten') is een biologisch proces waarbij bepaalde componenten van een cel – zoals beschadigde eiwitten of lichaamsvreemde deeltjes – afgebroken worden.[1] Tijdens autofagie vormt zich een membraan-omgeven blaasje rondom een af te breken structuur. Dit blaasje zal fuseren met een lysosoom, waarna de inhoud enzymatisch wordt afgebroken. Oorspronkelijk werd autofagie aangezien als een overlevingsmechanisme van de cel bij voedseltekort, maar inmiddels is duidelijk geworden dat het een wijdverspreid celproces is dat essentieel is voor homeostase van een meercellig organisme.
Tijdens autofagie worden relatief grote celbestanddelen – macromoleculen, eiwitaggregaten en zelfs hele organellen – op gereguleerde wijze afgebroken tot hun bouwstenen. De cel kan deze bouwstenen weer gebruiken voor de opbouw van nieuwe macromoleculen. Stoornissen in autofagie kunnen tot gevolg hebben dat cellen binnendringende pathogenen, ongewenste eiwitaggregaten en abnormaal gevouwen eiwitten niet langer kunnen opruimen, wat kan leiden tot infectieziekten en vermoedelijk ook tot neurodegeneratie en kanker.[2]
De term autofagie werd al gebruikt in midden van de negentiende eeuw. De huidige betekenis werd geïntroduceerd door de Belgische biochemicus Christian de Duve in 1963 na zijn ontdekking van de werking van het lysosoom.[1] De identificatie van autofagie-gerelateerde genen in gistcellen vanaf de jaren negentig stelde onderzoekers in staat de mechanismen van autofagie te ontrafelen. In 2016 ontving de Japanse onderzoeker Yoshinori Osumi de Nobelprijs voor zijn inzichten omtrent het proces.[3]