De Boston Marathon 2000 werd gelopen op maandag 17 april 2000. Het was de 104e editie van de Boston Marathon. De Keniaan Elijah Lagat kwam als eerste over de streep in 2:09.47. De Keniaanse Catherine Ndereba won bij de vrouwen in 2:26.11.
In totaal finishten er 15.680 marathonlopers waarvan 10.207 mannen en 5473 vrouwen.