Het seizoen 1999/2000 was het 83e seizoen van de Coupe de France in het voetbal. Het toernooi werd georganiseerd door de Franse voetbalbond.
Dit seizoen namen er 6096 clubs deel. De competitie ging in de zomer van 1999 van start en eindigde op 7 mei 2000 met de finale in het Stade de France in Saint-Denis. De finale werd gespeeld tussen FC Nantes (voor de achtste keer finalist) en de vierdeklasser Calais RUFC (voor de eerste keer finalist). FC Nantes veroverde voor de derde keer de beker door Calais RUFC met 2-1 te verslaan.
Als bekerwinnaar nam FC Nantes in het seizoen 2000/01 deel in de UEFA Cup.